卵巢巧克力囊腫的病因尚未清楚，但與以人工流產爲主的宮腔手術有着密切關係。爲了避免更多這樣的事情發生，可從採取以下的預防措施：
1、女性注意調整自己的情緒，保持樂觀開朗的心態，使機體免疫系統的功能正常。
2、女性要注意自身保暖，避免感寒着涼，特別是冬天一定不能只要風度不要溫度。
3、在月經期間，禁止一切劇烈體育運動及重體力勞動。
4、如已查出患有子宮內膜異位症，卵巢巧克力囊腫大於6cm以上者，在月經期或月經中期一定要注意保持情緒穩定，避免過度勞累，一旦囊腔內張力突然升高時，囊壁破裂，會形成急腹症。
5、儘量少做人工流產和刮宮，做好計劃生育。
6、月經期要做好自身的保健，注意控制自己的情緒，不要生悶氣，否則會導致內分泌的改變。
7、女孩子青春期要避免受驚嚇，以免導致閉經可形成溢流。
8、女性月經期一定要禁止性生活。
