多囊卵巢綜合症的治療方法有不少，西醫、中醫多種不同的療法都具有一定的療效。簡單來說，一種是藥物治療，可用西藥和中藥，另一種是手術治療。一般藥物治療效果不是很理想，可採用微創手術治療，創傷小，恢復也快。如果多囊卵巢綜合症的症狀仍不算太嚴重，那也可以採取藥物治療的方式緩解病情。
西藥治療：即促排卵治療，方法包括合理的飲食管理改善胰島素拒抗、藥物對抗雄激素促排卵。使用的藥物主要是口服避孕藥，藥物同時可以調整月經週期。一般服用3-6個月左右，經過激素所平檢測正常後就可以停止服藥。
中醫治療：中醫治療多囊卵巢綜合症上以補腎助陽或滋腎養陰、益氣健脾爲主，兼以疏肝理氣、活血化瘀、燥溼化痰、軟堅散結等法。中藥的治療對身體毒副作用比較小，另外中醫藥治療具有辨證靈活，調換組方自由度大，因病施治，因人施治，標本兼治，愈後不復發，具有治本除根的優勢。
手術治療：腹腔鏡卵巢治療，在腹腔鏡下，手術穿刺卵泡，使雄激素水平下降，從而達到治療目的。以對抗雄激素的作用，促使卵巢排卵。
