藥物治療的目的主要是抑制卵巢功能，造成假孕或假絕經狀態等。
子宮內膜異位症的藥物治療
子宮內膜異位症的病因不清，目前尚無根治的藥物。因爲子宮內膜異位症是激素依賴性疾病，所以藥物治療的目的主要是抑制卵巢功能，造成假孕或假絕經狀態，減少內異症病竈的活性以及減少粘連的形成，緩解疼痛，抑制術後殘餘病竈，預防復發，縮短復發的間期。促進生育。
可供選擇的藥物主要有四類，主要的副作用如下:
1、口服避孕藥:連續或週期用藥6個月，副作用較少，可有消化道症狀或肝功能異常等。
2、孕激素:主要是突破性出血、乳房脹痛、體重增加、消化道症狀以及肝功能異常等。
3、孕三酮:主要是雄激素樣作用，如毛髮增多、聲音變粗、面部痤瘡、體重增加、肝功異常。
4、GnRHa:年輕需要生育的患者首選此藥治療3~6個月，副作用主要是由於低雌激素血癥引起潮熱、陰道乾燥、性慾下降、失眠及抑鬱等，長期應用可引起骨質疏鬆。
