從感染艾滋病毒到發病有完整的自然過程，臨牀上將該過程分爲急性感染期、潛伏期、艾滋病前期、典型艾滋病期。並非所有感染者都會完全出現四期表現，但所有疾病階段的患者都可以在臨牀上看到。四個時期不同的臨牀表現是一個漸進連貫的病程發展過程。
1、急性感染期
窗口期也在這段時間。HIV侵入人體後對身體刺激的反應。病人發熱、皮疹、淋巴結腫大、還會發生乏力、出汗、噁心、嘔吐、腹瀉、咽炎等。有的還會出現急性無菌性腦膜炎，表現爲頭痛、神經症狀和腦膜刺激症。末梢血檢，白細胞總數正常，或淋巴細胞減少，單核細胞增多。急性感染期間，症狀輕微，容易被忽視。這種發熱等全身不適症狀出現後5周左右，血清HIV抗體呈陽性反應。之後，臨牀上出現了長短不同、比較健康、無症狀的潛伏期。
2、潛伏期
感染者可以沒有臨牀症狀，但潛伏期不是靜止期，更不是安全期，病毒繼續繁殖，具有很強的破壞作用。潛伏期是指從感染HIV到出現艾病臨牀症狀和體徵的時間。艾滋病的平均潛伏期，在被認爲是2-10年。這對早期發現患者和預防有很大困難。
3、艾滋病前期
潛伏期後，與艾滋病相關的症狀和體徵開始出現，直到典型的艾滋病發展爲止。這個時期，有很多名字，包括艾滋病相關綜合徵、淋巴結病相關綜合徵、持續性泛發性淋巴結病、艾滋病前綜合徵等。此時，患者具有艾滋病的最基本特徵，即細胞免疫缺陷，症狀輕。主要臨牀表現爲
(1)、淋巴結腫大
前期最主要的臨牀表現之一。主要是淺表淋巴結腫大。發生的部位多見於頭頸、腋窩、腹股溝、頸後、耳前、耳後、淋巴結、頜下淋巴結等。一般來說，至少有兩個以上的部分，其中一個多達十個。腫大淋巴結對一般治療沒有反應，經常持續腫大超過半年。約30%的病人臨牀上只有淺表淋巴結腫大，而無其他全身症狀。
（2）、全身症狀
病人常有病毒性疾病的全身不適，肌肉疼痛等症狀。約50%的病有疲倦無力及週期性低熱，常持續數月。夜間盜汗，一月內超過五次。約1/3的病人體重減輕10%以上，這種體重減輕不能單純用發熱解釋，補充足夠的熱量也不能控制這種體重減輕。有的病人頭痛、抑鬱或焦慮，有的出現感覺神經末梢病變，可能與病毒侵犯神經系統有關，有的可出現反應性精神紊亂。3/4的病人可出現脾腫大。
（3）、各種感染
此期除了上述的淺表淋巴結腫大和全身症狀外，患者經常出現各種特殊性或複發性的非致命性感染。反覆感染會加速病情的發展，使疾病進入典型的艾滋病期。約有半數病人有比較嚴重的腳癬，通常是單側的，對局部治療缺乏有效的反應，病人的腋窩和腹股溝部位常發生葡萄球菌感染大皰性膿庖瘡，病人的肛周、生殖器、負重部位和口腔黏膜常發生尖銳溼疣和尋常疣病毒感染。口脣單純皰疹和胸部帶狀皰疹的發生率也較正常人羣明顯增加。口腔白色念珠菌也相當常見，主要表現爲口腔黏膜糜爛、充血、有乳酪狀覆蓋物。
其他常見的感染有非鏈球菌性咽炎，急性和慢性鼻竇炎和腸道寄生蟲感染。許多患者排便次數增多，變薄，有粘液。可能與直腸炎及多種病原微生物對腸道的侵襲有關。除此之外，口腔能夠出現毛狀白斑，毛狀白斑的存有是早期確診艾滋病的關鍵線索。
4、典型的艾滋病期
有學者稱之爲致死性艾滋病，是艾滋病感染的最終階段。本期具有
嚴重細胞免疫缺陷三個基本特徵。
發生各種致命機會性感染。
發生各種惡性腫瘤。
艾滋病終期，免疫功能全面崩潰，患者出現各種嚴重的綜合疾病，直到死亡。
確診艾滋病不僅僅是臨牀表現，最重要的依據是檢查者的血液檢查是否是陽性結果，因此懷疑自己感染了HIV後，必須立即去當地的衛生檢查部門檢查，決不能自己診斷。
