皮膚癬菌病傳統上以解剖部位命名，如體癬手足癬等。這種分類有利於根據解剖部位的皮膚特徵使用不同的藥物。皮膚癬菌病也根據病原菌命名，如銀屑病、重疊銀屑病、紅色銀屑病菌病等。
皮膚癬菌侵入頭髮引起頭癬。表現爲環狀脫髮斑，有鱗屑、水泡、膿皰。有時分散的脫髮斑可能是唯一的症狀。偶爾被稱爲大隆起的化膿性損傷。頭髮感染後枯黃或折斷。根據頭髮感染的位置，可以分爲內部感染和外部感染。發內型感染在發內形成孢子，可以在發內或鏈狀排列，也稱爲白癬。如果是銀屑病，發內會形成菌絲。羊毛狀孢子菌等在頭髮外形成大量孢子，排列成鑲嵌狀或鏈狀，稱爲頭髮感染，也稱爲白癬。髮型感染可以在毛髮內，特別是根部發現菌絲。
皮膚癬菌侵犯角質層，引起體癬和手足癬等。在皮屑中表現爲分枝分隔的菌絲，可斷裂成鏈狀孢子。皮損一般呈圓形或多環形，單個散在或互相融合。組織反應可從紅斑、鱗屑到結痂、化膿甚至肉芽腫。主觀無感覺或有不同程度瘙癢。
真菌暗柱頭孢菌素及其變異柱頭孢菌素可引起人類掌跖和甲板感染。由於其臨牀表現和直接鏡檢和手足癬和灰指甲無法識別，因此在取得標本培養時，其中一個不得加入放線菌酮，以免抑制柱頂孢菌素的生長。皮膚癬菌累及甲板稱甲癬。通常表現爲甲板增厚、變色及破損。甲周組織一般沒有炎症或疼痛。
皮膚癬菌在較少見的情況下會引起深部組織感染。表現爲蜂窩織炎、毛囊炎、膿癬、皮下組織膿腫、淋巴結膿腫、Majochii肉芽腫、足菌腫、疣狀增生等。楊國亮曾報道鐵鏽色孢子菌引起的深部感染有2例。患者頭髮稀疏。全身見大片鱗屑性損害和皮膚肉芽腫樣損害。後者以結節爲主，分佈廣泛。有些穿孔化膿。
