有人會問注射HPV疫苗有什麼副作用？還有人會質疑，HPV疫苗沒有經過長久歷史考驗，安全嗎？目前，國際認爲是一種比較安全的疫苗。
宮頸癌疫苗的副作用極少，疫苗注射後會留下來進行觀察，有些人接觸HPV疫苗可能會有一些不良反應，局部注射部位發生紅腫、疼痛、包塊，嚴重的會有發燒、頭暈、噁心等。對產品成分禁忌人羣還會有過敏反應。如有嚴重的不良反應，後續接種要聽從醫生的建議，慎重考慮或終止往下接種。
對宮頸癌疫苗中任一成分或輔料，就是酵母、蛋白質等成分，如麪包、牛奶等過敏的人不能接種宮頸癌疫苗。具體產品的禁忌症，應參考產品說明書和醫生的建議。接種前醫生會詢問過敏史，不能隱瞞，如果對疫苗中的任一成分過敏，將無法進行接種。
月經來潮不影響疫苗接種。接種期間可以有性生活，但要注意避孕。如果意外懷孕可以繼續懷孕，目前沒有發現對胎兒不利例案。
