女性的月經週期受中樞神經系統調節影響，如果有任何一個因素影響了性腺軸的運行，都可能出血功能性子宮出血的情況。一般來說功能性子宮出血的原因有以下幾種。
1、如果女性有營養不良、不良精神刺激或者內分泌出現紊亂，如缺鐵性或再障性貧血，都可能出現功能性子宮出血，一些疾病如糖尿病、腎上腺疾病和甲狀腺疾病等也有可能影響身體功能導致功能性子宮出血。
2、月經週期受中樞神經系統控制，如果下丘腦、垂體、性腺軸的功能出現失調，如生殖激素紊亂、排卵或黃體功能出現障礙、反饋功能失調等，都可能導致功能性子宮出血的出現。
3、子宮內膜細胞溶酶體功能受性激素調節，子宮內部出現異常，如微循環血管牀結構和功能異常、螺旋小動脈出現異常等，都可能影響內膜功能層的脫落或對局部血凝纖溶功能產生影響，從而導致功能性子宮出血。
