慢性腸炎可以口服左氧氟沙星片、美沙拉嗪片、複方谷氨醯胺膠囊、益生菌、蒙脫石散等藥物進行治療。慢性腸炎常見的原因有，因進食不潔飲食導致腸道細菌感染，出現了腸道的黏膜充血、腫脹。此外，還有飲食不規律、生活習慣紊亂、睡眠不好也可以導致慢性腸炎，免疫功能紊亂也可以導致結腸的炎症性病變，主要是潰瘍性結腸炎的表現。
如果是感染因素引起的慢性腸炎，通過化驗大便常規，明確有細菌感染，可以口服左氧氟沙星進行抗菌治療。如果是潰瘍型結腸炎引起的，可以口服美沙拉嗪片治療。慢性腸炎一般都會有腸道的菌羣紊亂，也就是腸道內有益菌減少，有害菌增多，可以同時補充益生菌調節腸道菌羣，同時可以口服複方谷氨醯胺膠囊保護腸黏膜、營養腸道。如果腹瀉比較明顯，可以口服蒙脫石散止瀉治療，對於慢性腸炎最好是做結腸鏡檢查，同時化驗大便常規，根據具體的病變情況採取相應的治療措施。
