爲了明確診斷和鑑別診斷，可選的檢查包括：精液分析或細菌培養、前列腺特異性抗原、尿細胞學、經腹或經直腸B超(含殘尿測定)、尿流率、尿動力學CT、MRI、前列腺穿刺活檢等尿道膀胱鏡檢查。具體診斷方法如下：
1、病史採集
詢問病人的病史，幫助診斷疾病。
2、體格檢查
直腸檢查可瞭解前列腺的大小、質地、結節、壓痛及其範圍和程度、盆底肌肉緊張、盆壁壓痛，按摩前列腺獲得前列腺液。
3、四杯試驗
該試驗在前列腺炎的診斷中具有重要的臨牀意義。具體方法：在收集尿液前，讓患者多喝水，包皮過長的患者應翻轉包皮。清潔陰莖頭和尿道口後，患者排尿並收集尿液10ml，繼續排尿約200ml收集中段尿10後ml，然後停止排尿，按摩前列腺，收集前列腺液，最後再收集尿液10ml。通過對上述標本細菌菌落數量的比較，對每個標本進行鏡檢和培養，可以鑑別是否有前列腺炎或尿道炎。
4.實驗室檢查
(1)前列腺按摩液(EPS)常規檢查：正常EPS中白細胞<10個/HP，全視野均勻分佈卵磷脂小體，pH 6.3～6.5.紅細胞和上皮細胞不存在或偶見。當白細胞出現時。;10個/HP，卵磷脂小體數量減少，具有診斷意義。
(2)尿常規分析及尿沉渣檢查:尿常規分析及尿沉渣檢查是排除尿路感染、診斷前列腺炎的輔助方法。
(3)細菌學檢查:推薦慢性前列腺炎"兩杯法"或"四杯法"病原體定位試驗。
(4)其它病原體檢查:包括沙眼衣原體和支原體檢查。
5、器械檢查
(1)B超:雖然前列腺炎患者B超檢可發現前列腺回聲不均、前列腺結石或鈣化、前列腺周圍靜脈叢擴張等，但仍缺乏B超診斷前列腺炎的特異性表現也不能使用B超前列腺炎分型。
（2）尿動力學：首先，尿流率和尿流率檢查可以大致瞭解患者的排尿狀況，有助於識別前列腺炎和排尿障礙相關疾病。其次，尿動力學檢查可發現膀胱尿道功能障礙。
(3)CT和MRI對精囊、射精管等盆腔器官病變的鑑別有潛在的應用價值，但對前列腺炎本身的診斷價值尚不清楚。
6、鑑別診斷
慢性前列腺炎缺乏客觀和特異性的診斷依據。臨牀診斷應與可能導致骨盆疼痛和排尿異常的疾病進行鑑別和診斷。排尿異常的患者應明確是否有膀胱出口梗阻和膀胱功能異常。需要鑑別的疾病包括：良性前列腺增生、睾丸附睾和精索疾病、膀胱過度活動、神經源性膀胱炎、間質性膀胱炎、腺性膀胱炎、性傳播疾病、膀胱腫瘤、前列腺癌、肛門直腸疾病、腰椎疾病、中樞和外周神經病變。
