但目前自我移植不是絕對安全的，術後初期可能發生疼痛、瘀傷、血腫、感染等併發症，術後1~3個月內可能發生色素沉着、移植量過多或不足、移植區等。更嚴重的可能是脂肪栓塞引起的突然失明或偏癱，甚至死亡。以下是面部自體脂肪移植的各種併發症的簡要介紹。
1、感染、血腫
臉部脂肪移植手術如豐脣、豐頰等可引起感染。原因可能與手術方法有關，或者手術區域感染或移植量過大。感染和血腫直接影響移植脂肪的成活率，達不到預期的手術效果。
2、脂肪填充不足
相關統計顯示，面部脂肪移植有3%~14%的不滿率，其中一部分原因是在通常移植次數後填充量無法滿足患者的要求。移植脂肪吸收過多，移植效果難以預測的問題，一直是自體脂肪移植的難點。
3、脂肪填充過剩
脂肪填充過剩表現爲手術區域的膨脹，可能是對稱的，也可能是單側的手術後，手術後3~6個月出現，豐頰手術最常見。
4、脂肪栓塞
據相關文獻報道，自1980年脂肪移植以來，有8例面部脂肪移植術後脂肪栓塞併發症。其中1例死亡，4例腦梗死伴失明，2例失明，1例腦梗死。發生情況少但結果嚴重，是自體脂肪移植最嚴重的併發症。
5、脂肪移動
手術後脂肪成活前，移植的脂肪組織可能會移位。多發生在皮下瘢痕組織過多的部位和韌帶分佈區(鼻脣溝部等)。
6、脂肪液化或結節形成
臉部脂肪移植術後發生皮下結節的，偶爾會有報道。
7、手術操作不慎損傷其他組織
因手術操作問題，可能損傷手術區血管、神經等組織。
