結締組織性腸炎病因多因素，其發病與免疫失調有關。
1、硬皮病患者多爲小腸疲勞，小腸病理變化肌萎縮，粘膜下層、肌層和膠膜層斑片狀膠原纖維沉積，粘膜固有膜浸潤慢性炎細胞。
2、皮膚炎時小腸有一定程度的擴張和分節變化，伴隨着低動力和通過時間的延長。肉眼可見腸壁浮腫，增厚。鏡檢顯示多處粘膜糜爛、粘膜下層浮腫、肌肉萎縮、纖維化伴淋巴和漿細胞浸潤。從腸道粘膜下層到漿膜層的小動脈、小靜脈內膜的厚度容易形成血栓和管腔閉塞。
3、系統性紅斑狼瘡腸道損害主要表現爲血管炎結果，纖維蛋白樣變性、血栓形成、出血和缺血，主要侵害腸道粘道底層、肌層和腸繫膜小動脈、小靜脈。
4、結節性多動脈炎可以累及腸道的任何部位，但主要是侵犯腸繫膜中、小動脈及粘膜下層及肌層小動脈，其次是小靜脈。損害呈節段性分佈，管壁各層受到影響。組織學的特點是纖維蛋白變性、壞死和血栓形成，伴有炎性細胞浸潤。
5、類風溼性關節炎也可併發小腸吸收不良、脂肪瀉和選擇性乳糖耐受不良。吸收不良是由併發小腸澱粉樣品變性引起的，也有腸胃蛋白質的損失。
