理論上，單獨依靠癌胚抗原檢查，無法確認癌症的存在。由於癌胚抗原的獨特性質，臨牀上多作爲標誌物存在，用於大面積篩選誘發癌症的可能性。在實際應用中，疑似患有癌症的患者，首先需要經過癌胚抗原檢測，確定指數大幅上升後，根據具體症狀、傳統病史完善影像學檢測，方向篩選。癌胚抗原是廣譜標誌物，對多種癌症都具有較高的敏感度，尤其是針對於中後期的癌症患者，檢測結果中呈陽性的可能性在40%~90%之間。近年來結合CA 242技術，癌胚抗原檢測對癌症的敏感度又上升了一個層次。
數據顯示，癌胚抗原可篩查胰腺癌、乳腺癌、胃癌、腸癌、肝癌、甲狀腺髓樣癌、卵巢癌、肺癌、泌尿系腫瘤等疾病。臨牀檢測時，癌胚抗原指數超標值三倍以上，考慮可能存在腫瘤細胞。有經驗的醫生根據患者的具體症狀正確篩選。例如，患者出現腹痛、腹瀉、噁心、反胃、便血癥狀，通常篩選消化道，完善超聲波檢查等。患者出現附件炎、婦科炎症、小腹疼痛、月經不調、陰道出血癥狀時，婦科腫瘤的可能性較高，常見卵巢癌、子宮內膜癌等。在完善基礎檢查的同時，通常需要配合經陰彩超檢查。患者乳房疼痛，乳核繁殖時，考慮乳腺癌的可能性很高。患者出現肝區疼痛、消化不良、胃痛、膨脹、脂肪腹瀉等症狀時，考慮肝癌的可能性很高，需要根據具體症狀完善x射線檢查，必要時需要穿刺活檢。
總之，癌胚抗原檢查是推測癌細胞是否存在的檢查方式，不能單獨確診癌症。但是，通過其他檢查項目的結合，可以作爲常規癌症的篩選項目，爲輔助確診癌症提供有利的數據支持。
