長期罹患癲癇、發作得不到控制的患者，由於癇樣放電導致神經元功能紊亂造成腦組織損害的持續性存在，往往伴發有多種中樞神經系統併發症，其中最常見的就是智力減退或記憶力等認知功能障礙。造成這種併發症的原因除了癲癇疾病本身的損害以外，癲癇患者得不到正常的受教育機會及與社會缺乏交往也是重要的方面。除此之外，運動能力減退、平衡障礙、心理精神異常等也是常見的併發症。
1、智力或認知功能障礙的預防與治療
應當根據不同的原因進行鍼對性的預防。大部分癲癇患者認知功能障礙是由於注意力不集中以致學習能力下降，因此失去了信心，自己放棄了學業；或者害怕別人知曉自己罹患癲癇而遠離人羣，社會知識難以獲得。對於這些患者，應積極鼓勵他們在條件允許的情況下繼續上學或到專門的殘障教育機構接受教育，並多使其參與力所能及的社會活動，加強與社會的聯繫。而對於少部分先天或嬰兒早期癲癇導致智力發育障礙的患者，越早在正規康復機構進行鍼對性的智力康復鍛鍊，越能夠明顯的提高患者的智力水平。
2、運動功能及語言障礙的預防與治療
運動及語言功能是維持人日常生活交往最主要的功能，癲癇患者只要不是發作過於頻繁，進行適當的體育活動和力所能及的勞動不僅對身體無害，還能防止廢用性的運動功能減退和語言交流能力障礙。如果已經出現了運動和語言功能障礙，一般都說明中樞神經系統內存在明顯的器質性病竈，這時應進行詳細的檢查。如果病竈進一步進展，可以考慮外科手術治療終止；如果不會，可使用神經生長因子等藥物治療，並進行運動及語言功能康復鍛鍊。
3、心理精神障礙的預防與治療
對於罹患癲癇的患者，應對其進行疾病教育，使之瞭解癲癇治療的長期性和可治癒性，從而幫助其樹立戰勝疾病的決心與勇氣。同時應對患者進行心理疏導，避免精神壓力過大，鼓勵其積極參與社會活動。對已出現了精神心理障礙的患者，除加強心理疏導外，還應及時到專門的醫療機構進行藥物治療，必要時可考慮外科手術治療。
