附睾頭囊腫會引起繼發性性功能障礙，影響正常性生活。若囊腫對睾丸造成嚴重壓迫，可造成睾丸萎縮，甚至影響生育能力。
1、影響正常的性生活
若附睾頭囊腫體積較大，患者在性交過程中出現睾丸和陰囊疼痛的現象。易引起繼發性功能障礙，對正常性生活產生影響，甚至影響夫妻感情。
2、睾丸萎縮
若附睾頭囊腫病情不斷加重，體積不斷增大，易壓迫到睾丸。影響睾丸正常血液供應，導致睾丸萎縮。
3、影響生育
附睾頭囊腫嚴重時可影響精子合成，導致精子量減少，甚至是導致死精和無精。患者的生育能力受到影響，嚴重者會直接喪失生育能力。也可將病菌傳染給配偶，使配偶患上婦科炎症。
