出現巧克力囊腫需積極治療，否則會導致月經不調、影響生育、還會導致容顏早衰。當囊腫增大破裂時會危及生命。
1、引起月經不調
巧克力囊腫會影響月經，常出現月經週期不規律、月經量異常，甚至出現痛經症狀。
2、影響生育
患巧克力囊腫後還會影響生育，引起不孕；臨牀數據顯示，巧克力囊腫導致不孕高達40%。即使懷孕後也會因卵巢囊腫刺激，在懷孕早期出現流產；懷孕後期因蒂扭轉導致胎位異常，引起難產等。
3、導致容顏早衰
巧克力囊腫出現後，體內激素分泌異常，若不及時治療內分泌長期失調，皮膚變得粗糙影響容顏。
4、危及生命
巧克力囊腫持續增大，會出現感染、破裂等併發症，嚴重時危及生命。
