巧克力囊腫不是惡性腫瘤，卵巢巧克力囊腫指子宮內膜組織異位到了卵巢，因受到體內雌孕激素變化的影響，出現類似於月經的週期性出血，從而形成的一種包裹性囊腫。它本質上是一種子宮內膜異位症，不是惡性腫瘤。
患有卵巢巧克力囊腫的女性會出現下腹痛、痛經、不孕、性交不適及月經異常等症狀，症狀較輕時可予以藥物治療，囊腫較大或需要恢復生育功能者則可能需要手術治療。具體治療方案，建議諮詢專業醫生。巧克力囊腫目前通過手術加藥物方法治療，絕大多數患者可以治癒。
巧克力囊腫是激素依賴性疾病，與經血逆流，慢性炎症反覆刺激，遺傳，自身免疫因素等有關。腹腔鏡加組織檢查是確診巧克力囊腫的最佳方法，醫生也可以詢問病史及臨牀表現，B超，血清CA125的測定診斷巧克力囊腫。
出現繼發性痛經進行性加重，也可能是其他疾病，如子宮腺肌症，應及時去醫院就診，請醫生明確診斷和治療。
