肛周膿腫需要應用抗生素類藥物治療，還可以通過抽膿減壓以及排膿的方式來緩解症狀，瘻管形成後需行根治性手術治療。
肛周膿腫是一種急性化膿性感染，多半都是革蘭陰性桿菌感染，可以選擇針對這一類細菌有效的抗生素，如左氧氟沙星膠囊、阿莫西林膠囊、甲硝唑片等。如果服抗生素治療的效果不好，則需要靜脈輸注抗生素，避免感染進一步加重。
發生肛周膿腫後，局部腫脹現象比較明顯，且有較多的膿液，需要對局部進行消毒，並且用一次性無菌注射器刺入膿腔，抽取膿液。這種方法有助於減輕膿腔張力，緩解疼痛，如果症狀嚴重，則需要在局部麻醉狀態下進行切開排膿，術後需要對膿腔進行沖洗，並且放置油紗條引流，使農業儘快排出，迅速減輕症狀。三個月左右瘻管形成，內口明確，可以行根治性手術。低位膿腫直接切開即可，如果是馬蹄膿腫，需要行切開加曠置術，高位膿腫則要行掛線術或者等壓引流術。
