肛周膿腫一經確診，應立即手術，手術愈早，效果愈好。肛門膿腫的手術治療方法可以發爲兩種：
1、一種方法是先將膿腫切開排膿，待膿腔縮小或成痰後再作根治手術，治療時間相對較長，以往多采用這種方法。
2、 另一種方法是將肛門膿腫一次性切開根治，避免了二次手術的痛苦，治療過程相對較短，故目前多采用這種方法治療肛門膿腫。
西醫治療：
肛周膿腫主要是抗感染治療，膿腫形成的切開引流。少數肛周膿腫用中藥、抗生素、熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數患者需要手術切開膿腫，引流膿液，防止擴散，減輕患者的病痛。
保守治療：
例如新生兒肛周膿腫是發生在新生兒肛門直腸周圍的急性化膿性感染，它的感染來源於肛門內的肛管和直腸交界處是一個叫肛竇的組織，感染菌主要是糞便中的大腸桿菌，感染一旦發生就沒有自愈的可能，新生兒皮膚嬌嫩，免疫力低下，抵抗力差，皮脂腺分泌旺盛再加上新生兒長時間使用尿不溼易致皮炎，致使毛孔汗腺皮脂腺感染形成膿腫，近幾年由於人工餵養及尿不溼的廣泛使用，新生兒肛周膿腫逐年增加。新生兒肛周膿腫大都是皮下感染，位置較淺，保守治療不但創傷小，痛苦小恢復快，不留瘢痕，家長均易接受，極個別保守治療無效者最後手術治療。
