經結腸鏡檢查後可能會因空氣積聚於大腸內而有腹痛、腹脹等不適，這時輕揉腹部幫助排氣後，通常會在一小時內消失。如腹脹明顯，應及時告訴醫生或護士以便做相應的處理。檢查後可以進普食或根據醫囑進食。
經結腸鏡治療時(如切息肉、EMR、ESD等)一般需要住院，治療後首次大便可能會帶少量血液或發黑，屬正常。如果之後的多次大便都有血液，且出血量多時應及時向醫務人員彙報以便早期確定有無穿孔、出血等併發症，進一步做相應的處理。治療後要靜養，臥牀休息1天，三天內不能劇烈運動，也不能泡澡。飲食上要按照醫囑執行，一般第一天要禁食接受靜脈輸液，第二天後逐漸可飲水、進流質食物，第四天可進普食，可出院。
做無痛結腸鏡者另外需注意：診治後的前3個小時內需有成人陪護，以保證麻醉甦醒過程的順利；診治後12小時內不能飲酒，因酒精會增強麻醉藥的作用；診治後24小時內最好不要做需要精算和邏輯分析的工作，也不要簽署重要的文件；診治後24小時內不能駕駛機動車輛、進行機械操作、從事高空作業和其他有危險性的工作，以防意外。
