對於生殖器皰疹的治療方法還不能徹底清除病毒，阻止疾病的復發。目前治療分一般性治療、抗病毒治療及中醫中藥治療，這些治療都是必要的。一般性治療事實上是對症治療，而抗病毒治療是對因治療，中醫中藥治療多通過辨證施治，標本兼治，有效地阻止復發。
①無環鳥苷：被認爲是目前最有效的抗HSV藥物。病情嚴重者可靜脈給藥，劑量爲每公斤體重5mg，每8小時1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
②三氮唑核苷：是一種鳥嘌呤核苷的類似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能減輕疼痛和縮短病程。
③免疫刺激劑：口服左旋咪唑有一定的療效，但有報告效果不太肯定，體外發現干擾素對HSV有抑製作用，臨牀治療作用尚在研究中。
生殖器皰疹的護理也可以有效阻止復發，首先要預防它的感染，特別是夏天，氣溫高，出汗多，加上局部的搔抓，很容易出現局部的感染，每天用清水清洗生殖器部位是必要的。當出現局部的感染後，要及時用消毒水清洗局部。常用3%硼酸水200mL外洗患部，也可用黃連素1片研末加入200mL沸開水中，待涼後清洗患部。其次，避免局部的搔抓，不可用刺激性太強的藥品。患病後需注意預防感冒、着涼、勞累，以減少復發。治療期間禁房事等。
