服用藿香正氣丸的副作用目前並不能明確，但過量或者長期用藥可能會刺激腸胃，引起腸胃不適反應，也可能會出現過敏症狀。
藿香正氣丸是由多種中藥材所組成的中成藥物，患者在醫生的指導下適量服用通常不會造成不良影響，而且在臨牀上藿香正氣丸的副作用目前尚不明確，但是如果患者過量或者長期服用藥物，可能會造成腸胃刺激，而使患者出現噁心、嘔吐、腹痛、腹脹、腹瀉等腸胃不適症狀，而且藿香正氣丸所含有的中藥材，可能會在服用期間分泌某些成分，而導致患者出現過敏症狀，比如皮膚紅腫瘙癢、皮疹、頭暈、胸悶等。
藿香正氣丸是由廣藿香、陳皮、茯苓、大腹皮、半夏、甘草等成分組成的，具有解表退熱、和中理氣的功效，臨牀常用於治療暑濕感冒、惡寒發熱、頭痛、胸悶、脘腹脹痛、嘔吐泄瀉等症狀。
患者在服用藥物時要嚴格按照醫囑用藥，不可私自加大藥量，以免對身體造成傷害。
