白塞氏病的治療方法一直都是醫學上的一大難題。對於這種常見的慢性多系統損害的自身免疫性疾病，往往很難找出病因，這也是白塞氏病的治療難以徹底治癒的根本原因之一。
1、抗結核藥物：有結核病者要積極抗結核治療。部分白塞氏病的治療經抗結核治療後病情緩解。
2、肝腎陰虛證：症見痛目赤，兩眼乾澀發癢，有異物感，怕光流淚，視力下降;口舌潰爛，咽喉發乾疼痛，聲音嘶啞，頭暈耳鳴，五心煩熱，午後低熱，夜間盜汗;小便黃，大便燥。舌質紅少苔，脈細。白塞氏病的治療方法：滋陰清熱、補益肝腎為主輔以益精明目等進行加減。
3、脾胃濕熱證：症見口腔潰瘍，且多而深，口水淋漓，腫痛不適，飲食困難;外陰生殖器潰爛疼痛，肛周糜爛灼熱;雙下肢出現結節紅斑，腫脹疼痛;腹脹、無食慾。舌質紅，苔黃膩，脈滑。治法：瀉脾胃伏火、健脾除濕為主理氣通絡進行加減。
4、免疫抑制劑：是治療白塞氏病的另一個重要藥物，可以阻止疾病進展，與糖皮質激素有協同作用，並能減少糖皮質激素的用量。常用的有環磷酰胺、氨甲喋呤、硫唑嘌呤等。此外還有環孢黴素A，對眼病有效，但停藥後症狀易復發。
