雙側三叉神經痛診斷常常會被誤診，因為牙痛的症狀類似，醫生往往將牙齒拔除，甚至拔除全部牙齒仍然沒有任何效果，耽誤了最佳的治療時期，該病分為原發性(症狀性)三叉神經痛和繼發性三叉神經痛兩大類，其中前者最為常見。
雙側三叉神經痛診斷：
1.牙痛：三叉神經痛常誤診為牙痛，往往將健康牙齒拔除，甚至拔除全部牙齒仍無效，故應注意。牙病引起的疼痛為持續性疼痛，多侷限於齒齦部，局部有牙痛及致病病變，X線及牙科檢查可以確診。
2.副鼻竇炎：如額竇炎、上頜竇炎等，為侷限性持續性痛，可有發熱、鼻塞、濃涕及局部壓痛等。
3.青光眼：單側青光眼急性發作誤診為三叉神經第1支痛，青光眼為持續性痛，不放射，可有嘔吐，伴有球結合膜充血、前房變淺及眼壓增高等。
4.顳頜關節炎：疼痛侷限於顳頜關節腔，呈持續性，關節部位有壓痛，關節運動障礙，疼痛與下頜動作關係密切，可行X線及專科檢查協助診斷。
5.偏頭痛：疼痛部位超出三叉神經範圍，發作前多有視覺先兆，如視力模糊、暗點等，可伴嘔吐。疼痛為持續性，時間長，往往半日至1-2日。
6.三叉神經炎：病史短，疼痛呈持續性，三叉神經分佈區感覺過敏或減退，可伴有運動障礙，在受累的三叉神經分支有明顯壓痛。神經炎多在感冒或副鼻竇炎後等發病。
