皮下脂肪瘤沒有後遺症，但是在手術切除後容易損傷周圍組織，引起頑固性消化不良、營養不良。
1、移位、復發
皮下脂肪瘤有很少有其他併發症，但是體積較大，進行手術時受到手術刺激，脂肪瘤有可能會發生異位、復發，體表內脂肪瘤則可向心臟等內臟器官轉移。
2、損傷周圍組織
手術切除皮下脂肪瘤過程中手術麻醉出現意外，有可能會損傷周圍大血管、神經、組織以及其他相鄰器官而而引起局部病變。有部分患者在手術切除後可伴有脂肪瘤切除後綜合徵。
3、消化不良、營養不良
消化不良具體症狀表現為：噁心嘔吐、食慾不佳、厭油、頑固性腹脹、腹瀉等；營養不良則表現為全身乏力、嗜睡、臉色蒼白、精神倦怠等。這些併發症無明確性治療方案，多數患者在術後1~2個月左右逐漸緩解。
