一般情況下，患者好是月經乾淨了再去做卵巢囊腫檢查。可做細胞學檢查、腹腔鏡檢查、放射學診斷等檢查。
1.細胞學檢查：作為穹窿穿刺，抽吸腹水作細胞學檢查，在腹腔鏡檢查或剖腹探 剝離及切除囊腫查時，可同時在子宮直腸陷凹處吸液檢查，對惡性腫瘤的診斷有較高的準確率。
2.腹腔鏡檢查：可直接看到腫物的大體情況，可觀察整個盆腹腔，在可疑部位進行多點活檢並吸收腹液進行細胞學檢查可確定診斷及術後監護。但對巨大腫塊或粘連性腫塊患者禁忌施行，也無法觀察到腹膜後淋巴結，這是缺點。
3.放射學診斷：以腹部平片，靜脈腎盂造影，吞鋇檢查，淋巴造影等協助診斷。CT可鑑別良、惡性腫瘤，盆腔腫塊合併腸梗阻的診斷，顯示肝、肺及腹膜後淋巴結轉移。
