治療手足口病採用中藥效果最好，一般用內服藥和口腔塗藥相結合，無併發症者一週左右即可治癒預後良好。也可採用抗病毒藥物治療。
要定時讓患兒用溫水衝漱口腔；禁食冰冷或辛辣有刺激的食物，不要給予鹹食，以免引起疼痛而拒食；飲食要易消化，吃一些清淡、質軟、溫性的飯菜，多喝溫開水；要讓患兒有足夠的休息；要保證患兒衣服清潔，避免皮疹感染。
急性發作期手、足、口腔粘膜滿布皰疹或潰瘍，疼痛、發熱煩燥，舌紅、苔白或黃，指紋青紫或脈數。證因外感時邪病毒，脾胃蘊熱淚盈眶鬱蒸所致，治宜清熱瀉脾，解毒涼血，方用自擬清熱瀉脾飲。
藥物組成：金銀花、蒲公英、黃芩各10克，連翹9克，野菊花、赤芍大青葉各12克，石膏15至30克。兼高熱有動風之亦者加羚羊角、蟬蛻；兼心米之熾盛者，合導赤散；若大便祕結者加大黃、生地黃苡仁；兼陰虛者加麥冬、知母；兼風熱犯肺者加桑葉、苦杏仁。每日1劑，水煎分2次服。
