一般來說，試管嬰兒技術是安全的，但可能會出現併發症。
1、卵巢過度刺激綜合徵
由於多個卵泡生長，體內因素髮生變化，血管內的液體泄漏到腹腔，甚至胸腔內，引起胸腹水。發生率約爲10%。許多人症狀輕，腹脹、腹部不適、輕度噁心，可以不處理，但少數人出現嚴重腹脹、尿少、腹痛、納差，甚至出現胸悶、氣短等症狀，需要給予靜脈補液，住院治療。不足1%的人可能會出現血栓或腎衰竭。
2、取卵造成的損傷
(1)膀胱損傷，患者可出現血尿，通常通過留置輸尿管進行膀胱清洗，達到止血的目的。
(2)偶爾穿刺腸管和骨盆內的血管。
(3)卵巢出血:少數情況下穿刺的卵巢持續出血，有時需要腹部止血。
(4)骨盆感染。
3、卵巢扭轉
促排卵治療導致多個卵泡生長，或取卵後形成多個黃體囊腫，使卵巢明顯增大，此時女性活動過度或改變姿勢過快時，卵巢扭轉。患者突然出現劇烈腹痛，伴有噁心、嘔吐，扭曲的卵巢不能立即復位，可能需要手術治療，嚴重時需要手術切除壞死卵巢。
4、多胎妊娠
由於多胎移植到子宮，試管嬰兒技術引起的多胎妊娠率明顯高於自然妊娠，約爲25-30%。多胎妊娠晚期流產和早產的風險明顯高於單胎妊娠，母親患妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓病、難產和產後出血的風險明顯增加。因此，多胎妊娠對母子都不利。現在很多試管嬰兒中心爲了降低多胎妊娠率，開始減少移植胚胎數量，或者進行單胚胎移植。對於三胎或三胎以上的妊娠者，必須減少胎兒，對於二胎妊娠者，建議患者減少胎兒。
5、異位妊娠
一般人異位妊娠的發生率爲1%~2.5%。試管嬰兒將胚胎移植到子宮內，但由於輸卵管傾斜因子對胚胎的影響，胚胎流入輸卵管內，在輸卵管內植入發育，引起異位妊娠。有時胚胎也會種植在宮頸等部位。因此，接受試管嬰兒治療不能防止異位妊娠的發生，相反接受試管嬰兒治療的女性異位妊娠的發生率比普通人高2%~4%。
