結腸息肉一般手術後出現的併發症主要有灼傷、出血、腸穿孔等，並有結腸內易燃氣體在電灼時死亡的報告。預防主要是熟練掌握操作技術，嚴格遵守操作規範，腸道準備儘量不用甘露醇。
而對於有家族性結腸息肉的併發症可能有：
1、可出現腸套疊、腸套疊依據臨牀發病緩急和梗阻程度，分爲急性、亞急性和慢性3型。
2、急性腸套疊多發生在寶寶身上，以持續性、完全性急性腸梗阻者爲特點；亞急性腸套疊，抽搐發生時間輕短，呈不完全性腸梗阻，多見於兒童。
3、慢性腸套疊在慢性反覆發作中，容易成人。根據病理變化，臨牀症狀不同。腸梗阻、大出血、失血性休克等併發症也可發生，伴有全消化道息肉時無法根治。
此外，結腸息肉還會導致貧血、腸狹窄、中毒性腸擴張、腸穿孔、結腸腫瘤。
