一旦發生便祕，尤其是長時間便祕會引發多種疾病。
1、引起肛腸疾患
便祕時，排便困難，糞便乾燥，可直接引起或加強肛門直腸疾患。如直腸炎、肛裂、痔等。
2、胃腸神經功能紊亂
便祕時，糞便瀦留，有害物質吸收可引起胃腸神經功能紊亂而致食慾不振、腹部脹滿、噯氣、口苦、肛門排氣多等表現。
3、形成糞便潰瘍
硬糞塊壓迫腸腔使腸腔狹窄和骨盆周圍結構，阻礙腸道擴張，直腸和腸道壓迫形成糞便潰瘍，嚴重者可引起腸道穿孔。
4、患結腸癌
便祕導致腸內致癌物長期無法排除。資料顯示，嚴重便祕者約10%患結腸癌。
5、誘發心、腦血管疾病發作
臨牀上便祕用力增加腹壓，屏氣用力排便引起的心、腦血管疾病發作有逐年增加的傾向。如誘發心絞痛、心肌梗塞發作、腦出血、中風猝死。
