子宮內膜異位症是高複發性的疾病，五年之後再長的機會幾乎佔一半。內異症術後5年複發率30-40%，其中12%需要再次手術。復發後的治療更加困難，對卵巢內異症囊腫仍可進行手術及術後藥物治療，但有卵巢功能早衰可能。囊腫體積不大可以行超聲引導下穿刺後助孕，但易復發。子宮內膜異位症容易復發的可能性除了與手術的方案有關外，還與患者的年齡有關。對於接近絕經的女性來說，由於雌激素分泌功能的降低，使復發的概率也隨之下降，而育齡女性的復發概率則相對較高。
子宮內膜異位症是高複發性的疾病，子宮內膜異位症和一些盆腔的手術和一些盆腔的的操作有直接的關係。子宮內膜異位症雖是一種良性疾病，不是癌症，不會有生命危險，但卻有與惡性疾病相似的表現，諸如：局部遠處轉移與周圍組織的粘連，對其它組織或器官的侵襲和破壞，且極易復發，嚴重的影響青中年婦女的健康和生活質量，還是應該積極的治療。
