卵巢巧克力囊腫隨着病程的延長，囊腫內積血的不斷增加，囊腫體積也隨之增大。當囊腔內積血過多、壓力過高時，可撐破囊壁薄弱部分，發生囊腫自發性破裂，囊內流出部分積血，壓力降低後，囊壁破口常可自行癒合。經過若干時間後，囊內積血再次增多、壓力再次增大時，又可發生自發性破裂。囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可造成盆腔器官的粘連。卵巢巧克力囊腫可以在沒有誘因情況下自發破裂，粗暴或劇烈的性生活，尤其是經前期性生活，常是常見的導致囊腫破裂的重要誘因。
較小的卵巢巧克力囊腫，通常不易發生破裂。卵巢巧克力囊腫的藥物治療效果差，難以消除巧克力囊腫，當囊腫增大到3釐米以上，自發破裂的風險開始出現，並逐漸增加，它長到一定大小，自發破裂常難以避免。因此，它的確是藏在盆腔內的“炸彈”，說不定何時會發生“爆炸”。
總的來說，卵巢巧克力囊腫破裂的原因主要有以下這些：
1、經前或經期反覆出血，使囊內壓增加。
2、妊娠期孕激素水平增高或使用外源性孕激素治療時，孕激素使囊壁血管增生、充血水腫、組織軟化而致破裂。
3、排卵口的存在也可致囊腫破裂。
4、受外力擠壓、性生活或婦科檢查也可使囊腫破裂。
