子宮內膜異位症症狀與體徵隨異位內膜的部位而不同，並與月經週期有密切關係。
子宮內膜異位症症狀有以下幾點：
1、不孕：約有50%左右內異症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，約30-40%患內異症。內異症患有不孕，常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發育不好或排卵障礙等因素引起；而一旦懷孕則異位內膜受到抑制而萎縮，對內異症起到很好的治療，習慣性流產病例中有部分爲子宮內膜異位症所致。
2、痛經：內異症的臨牀特徵爲漸進性痛經，是常見而突出的特徵，多爲繼發性，即自發生內膜異位開始，患者訴說以往月經來潮時並無疼痛，而從某一個時期開始出現痛經，可發生在月經前、月經時及月經後。有的痛經較重難忍，需要臥牀休息或用藥止痛，甚至痛得“滾炕”或撞頭，疼痛常隨着月經週期而加重，月經結束而消失，但國內報道有21%約無痛經。
3、週期性直腸刺激症狀：進行性加劇的週期性直腸刺激症狀罕見於其他婦科疾病，是診斷本症最有價值的症侯。直腸、肛門、外陰部墜脹、墜痛、裏急後重感和大便次數增多。當病變逐漸加重時，症狀日趨明顯，而經後症狀消失。
4、月經不調：內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。月經不調可作診斷參考，但在鑑別診斷中並無價值。
5、子宮內膜異位症症狀之一：性交痛：當存在於陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性交痛。闊韌帶後葉病竈纖維化增生及收縮明顯時，可以外源性壓迫輸尿管，使其狹窄阻塞，亦可能出現泌尿系統症狀，嚴重的可發生輸尿管積水或腎盂積水。
6、週期性膀胱刺激症狀：當內異症病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現經期尿急、尿頻等症狀。若病變侵犯膀胱粘膜（膀胱子宮內膜異位症）則有周期性血尿和疼痛。
7、經期或行經前後的急腹症：一般爲卵巢子宮內膜囊腫，有穿破的特點，多數患者因卵巢囊腫扭轉或宮外孕而急診手術。若不手術而好轉時，盆腔粘連加重，今後還會反覆破裂發生急腹症。
8、週期性下腹不適：本症狀的出現率高於痛經，無痛經的內異症患者常存在於本症狀。出現於輕症患者，或某些病變雖較重但由於痛閾的個性差異或其他原因，不產生痛經症狀而僅有經期腰痠、下腹墜脹不適感。
10、內在型子宮內膜異位症患者往往子宮脹大，但很少超過3個月妊娠。如爲後位子宮，往往粘連固定。
9、腹壁疤痕及臍部的子宮內膜異位症則出現週期性局部腫塊及疼痛。
