先天性風疹可發生流產、死產、異常活產或完全正常的新生兒或隱性感染。胎兒幾乎所有器官都可能發生暫時、進行性或永久性病變。
1.出生嬰兒出生時可表現出一些急性病變，如新生兒血小板減少性紫癜，出生時有不同紫紅色大小的分散斑點，常伴有其他暫時性病變和骨骺鈣化不良、肝脾腫大、肝炎、溶血性貧血和前煙，或腦脊液細胞增多。這是先天性感染的嚴重表現。其他表現包括體重低、先天性心臟病、白內障、耳聾、小頭畸形等。根據58例紫癜患嬰隨仿1年的結果，病死率高達35%。風疹病毒性肝炎和間質性肺炎也可發生在新生兒期。
2.心臟畸形心血管畸形最常見的是動脈導管未閉合，有些人甚至在導管的管壁組織中分離出風疹病毒。肺動脈狹窄或其分支狹窄也很常見，其他可能有房間隔缺損、房間隔缺損、主動脈弓異常和更復雜的畸形。大多數嬰兒出生時心血管症狀並不嚴重也有心力衰竭，預後不良。
3.耳聾失聽可輕可重，一側或兩側。內耳柯替存在其病變(Corti)耳蝸。但也有中耳病變。失聽也可分爲先天性風疹的唯一表現，尤其是懷孕8周後。
4.眼部缺陷最具特徵性的眼部病變是梨狀核性白內障，多爲雙側，也可單側，常伴有小眼球。白內障出生時可能很小或看不見，必須用眼鏡仔細窺視。先天性風疹除白內障外，還能產生青光眼，與遺傳性嬰兒青光眼難以辨別。青光眼先天性風疹表現爲角膜增大和濁度，前房增深，眼壓增高。正常的新生兒也可以有一過性角膜濁度，可以自生消失，與風疹無關。青光眼先天性風疹必須進行手術；而一過性角膜混濁不需要治療。黑色素斑塊最常見的散落在視網膜上，大小不同。這種色素對視力無害，但有助於診斷先天性風疹。
5.發育障礙和神經畸形胎兒感染風疹也可能導致中樞神經系統疾病。嬰兒屍檢證實，風疹病毒對神經組織有毒，導致不同程度的發育缺陷。腦脊液經常發生變化，如細胞數量增加、蛋白質濃度增加，病毒甚至可以在1歲時從腦脊液中分離出來。
智力、行爲和運動障礙也是先天性風疹的主要特徵。這種早期發育障礙是由風疹腦炎引起的，可能導致永久性智力遲鈍。
一般來說，先天性心臟畸形、白內障和青光眼往往是由於妊娠早期2~3月的病毒感染，而失聽和中樞神經系統疾病往往是由於妊娠晚期的感染。新生兒也可以使用暫時的先天性風疹，通常是由妊娠早期感染傳播的，但偶爾由於妊娠晚期感染，母親和胎兒同時發病。
