一般情況下，嬰兒拉肚子若病情比較輕微，沒有明確使用抗生素的指徵，不建議優先使用消炎藥，可適當服用益生菌進行調理。當病情遲遲不得緩解時，需在醫生指導下服用頭孢類以及青黴素類消炎藥，比如頭孢克肟、阿莫西林等，其相對其他消炎藥更加安全。頭孢克肟，作爲第三代頭孢，對人體腎臟幾乎無毒，在臨牀上對於6個月以上兒童的安全性和有效性較爲確切；阿莫西林，主要是通過抑制細菌細胞壁合成而發揮殺菌作用，副作用比較小，相對於其他類抗生素來說安全性較高，副作用小，所以通常作爲嬰兒拉肚子的首選消炎藥。
而對於其他常見的消炎藥，如四環素類，具有較大耐藥性與較多副作用，如胃腸道反應噁心、嘔吐、上腹不適等，還可能對骨骼生長產生影響，具有抑制嬰兒骨骼發育的風險。如氨基糖苷類，具有一定耳毒性、腎毒性等危害，可能導致前庭功能障礙、耳蝸聽神經損傷，或引起腎小管腫脹，因而亦不適合嬰兒服用。
除此之外，嬰兒拉肚子時除了正確服用消炎藥，同時建議適當口服補液鹽等，或配合服用蒙脫石散等腸道黏膜保護劑進行治療。
