淋菌性肛門直腸炎主要通過患者的臨牀表現和實驗室淋球菌檢查進行診斷。檢查手段包括:
1、塗層檢查
取患者尿道分泌物或宮頸分泌物，染色皮蘭，在多形核白細胞中發現皮蘭陰性雙球菌，塗層對有大量膿性分泌物的單純淋菌性前尿道炎患者，該法陽性率在90%左右，可初步診斷。
咽部塗層發現革蘭氏陰性雙球菌無法診斷淋病。其他奈瑟菌在咽部是正常菌羣，還應進一步檢查症狀不典型的塗層陽性。
2、培養檢查
淋球菌培養是診斷的重要證據，培養法對症狀輕或無症狀的男性、女性患者是敏感的方法，只要培養陽性就可以確診。在基因診斷問世之前，培養是世界衛生組織推薦的篩選淋病的唯一方法，陽性率男性培養80%-95%，女性培養80-90%。
