有些患者不清楚阿米巴肝膿腫是哪裏炎症，這主要是對於這種疾病還不夠了解。甚至是一些已經患過阿米巴肝膿腫的人，在治癒之後，都難以說清自己的炎症性質。
阿米巴肝膿腫屬於化膿性炎症，但阿米巴肝膿腫主要是因爲阿米巴蟲感染而造成的一種現象，。很多阿米巴肝膿腫的患者都是因爲阿米巴腸病而造成結腸潰瘍所引起的。由於有結腸潰瘍，所以滋養體容易將血管壁破壞，這樣滋養體就會進入血管並且跟着血液循環流入肝臟。還有一種嚴重的情況，就是膿腫，病原體可以直接穿透腸壁，對肝臟造成破壞。
人體肝臟中的肝小葉微靜脈能起到過濾的作用，但是仍然有原蟲會殘留在V微末端，如果宿主的免疫力強身體健康，原蟲入侵的數量少那麼在這種情況下，宿主可以直接將原蟲殺滅，這樣就不會對肝臟造成損傷。
但是如果原蟲多，僥倖活下來的原蟲會繼續在肝臟中繁殖，原蟲繁殖的速度快，數量多，這樣就會引起患者胃靜脈栓塞。血管阻塞之後，由於肝臟缺少血液的滋養就會發生缺血性壞死，壞死組織就會變爲膿腫。
除此之外原蟲同樣可以進入其他的周圍組織，對肝部造成破壞。隨着時間的推移，膿腫也在不斷擴大。各個不同的膿腫在擴大時會相互連接融合，最終形成肝膿腫。阿米巴肝膿腫以肝區右葉頂部發病居多。
