阿米巴肝膿腫由於病程較長，很多患者都會出現營養不良、貧血等症狀。阿米巴肝膿腫的治療方法分爲內科和外科，內科主要是用藥物治療，外科則是進行手術治療。
1、內科手術主要是用有效藥物來治療，如果病情不是很嚴重，早期可選用抗阿米巴的藥物來進行治療，治癒率較高。患者在服藥72小時內發熱、肝痛等症狀會明顯好轉，6~9天內會降至正常體溫，肝痛、白細胞增多等症狀也會在2周左右恢復正常水平。
2、如果藥物治療無明顯改善，膿腫直徑小於6cm的患者可以採用肝穿刺引流來治療。穿刺次數要視病人的具體情況而定，每次穿刺都應該儘量將膿液抽淨，如果患者膿液多，穿刺引流則會加速康復速度。
3、如果膿腫直徑過大，穿刺容易傷及鄰近的器官，所以需要外科手術來進行治療。由於治癒的標準不一，一般以阿米巴肝膿腫症狀消失爲治癒的標準。
