在國內，多數甲亢患者在治療時，會選擇藥物治療。相比於放射性131碘跟手術治療，藥物的療法方便無創跟較好治療效果更爲患者所能接受。但是，明顯的缺點是療程長，患者停藥後復發的概率高。
部分使用抗甲狀腺藥物的患者還會出現嚴重的藥物不良反應，發生概率約佔5%，常見的不良反應是白細胞減少。其次，肝損傷和藥物性皮疹，部分患者粒細胞不足嚴重，剝離性皮炎危及生命。
藥物不良反應的比例只有5%，但也是患者和醫生在診療過程中應重視的問題。與患者甲狀腺機能亢進的治療效果和生命安全有關。但是，患者不能擔心藥物的副作用，擅自減少藥物，停止藥物，以免加劇病情，增加甲狀腺機能亢進後復發的概率。
如何有效預防甲狀腺藥物副作用？
1、合理選擇藥物:特別是妊娠期甲狀腺機能亢進和甲狀腺機能亢進危險患者，爲了安全考慮，儘量選擇副作用小、安全性高的藥物。根據自己的病情，按照醫生的建議，按時量藥。不要私下去藥店買藥，也不要聽別人所謂的偏方和健康食品，尤其是患甲狀腺機能亢進的孕婦。
2、密切檢測血液常規和肝功能:Graves甲狀腺機能亢進是自身免疫性的基本，原本肝損傷和白細胞減少。患者在用藥前和用藥過程中，最好密切監視血常規和肝功能，特別是剛開始用藥的半個月。通過這種藥物的前後比較，有助於區分患者肝功能損傷是由藥物引起的，還是由甲狀腺機能亢進症本身的影響，有助於改善目的性的治療。
3、妥善處理藥物副作用:甲狀腺機能亢進患者使用甲狀腺藥物發生無量反應，可分爲輕微型和嚴重型。輕微患者可能會出現白細胞稍微減少或輕微肝功能異常、皮疹、瘙癢、腸胃不適等表現。建議去醫院，採取相關措施診治，通常不需要停藥。
而服用抗甲狀腺藥物出現嚴重副作用的甲亢患者，可能會表現爲粒細胞缺乏症、急性肝壞死、剝脫性皮炎、抗中性粒細胞漿抗體（ANCA）陽性小血管炎等。此類患者則需要立即停止抗甲狀腺藥物的使用，立即前往醫院採取搶救措施，當病情穩定後，根據醫生的建議選用其它治療方式。
總之，抗甲狀腺藥物反應，但患者不必過度擔心或停藥。按照醫生的指示，規範藥物使用，遠離甲狀腺機能亢進的誘因，可以有效地治療甲狀腺機能亢進，預防甲狀腺機能亢進的復發。
