藥物治療作爲牙周炎的輔助治療的重要方面，目前專家建議大家儘量採用局部控釋的給藥途經。局部用藥可直接作用於病變部位，有效預防和減少菌斑的形成，是治療牙周病的不錯選擇。目前治療牙周病臨牀上應用最爲廣泛藥物包括四環素族藥物、西吡氯烷、三氯羥苯醚、阿莫西林等。
1、四環素族藥物。爲廣譜抗生素，它進入人體後，分佈較廣，對骨組織親和力大，對多種牙周致病菌均有抑製作用。常用藥物有四環素、多西黴素和米諾黴素，口服四環素每次250毫克，每日4次，2周爲1個療程。或口服米諾黴素每日200毫克，2周爲1個療程。
2、漱口劑。漱口劑有洗必泰液(又稱氯已定，是雙胍類化合物)，每次2分鐘，每日2次，連用2周，以及鹽水液、過氧化氫液、碳酸氫鈉液、1/5000高錳酸鉀液、複方硼砂液、芳香漱口液等，可抑制菌斑的沉積，減少口腔內細菌的數量，控制炎症，起清潔和消毒口腔的作用。
3、西吡氯烷。又稱西吡氯銨，是一種陽離子季銨化合物，可與細菌細胞壁上帶負電荷的基團作用而殺滅細菌。有報道使用西吡氯烷溶液含漱，可使菌斑的量減少。其抗菌作用不如氯己定強，而副作用也比氯己定少，不少市售的含漱液中均有此成分。
4、甲硝唑(滅滴靈)。是目前治療厭氧菌感染的首選藥物，對牙周炎有很好療效。它常與四環素、紅黴素、螺旋黴素配合使用，療效更佳。一般一次0.2克，每日3～4次，7～10日爲1個療程。妊娠及哺乳期婦女禁用。
5、螺旋黴素。爲大環內酯類抗生素，進入血液循環後，主要分佈在齦溝液、唾液、牙齦和頜骨中，能有效抑菌，對牙周急性炎症、牙周溢膿、出血者療效優佳。一般每次口服0.2克，每日4次，連服5～7日爲1個療程。療效可維持3～6個月。
6、羅紅黴素。是新一代大環內酯類抗生素，用於急性牙周膿腫效果好。口服每次0.15克，每日2次。
7、三氯羥苯醚。是一種非離子性的廣譜抗菌劑，過去數十年用於肥皂和除臭劑等，近年來作爲含漱劑或加入牙膏中，具有抑制菌斑形成及抗炎的雙重作用。但含漱後在口腔內停留時間短，抗菌斑作用不如在牙膏中明顯。有報道用含0.15％的三氯羥苯醚含漱液含漱4周後，患者的菌斑指數較對照組明顯降低。
8、氟化亞錫液。長期以來，氟化物一直被用於齲病的防治，近年的研究表明，使用0.05％或0.1％的氟化亞錫液含漱，還可有效地抑制菌斑的聚集，起到減輕牙齦炎的作用，可用於牙周疾病的預防和輔助治療。但氟化亞錫不穩定，應使用新鮮配置的藥液。
9、羥氨苄青黴素(阿莫西林)。爲半合成的廣譜抗生素，與甲硝唑合用治療侷限型青少年牙周炎和快速進展性牙周炎療效好，還可用於急性牙周膿腫切開引流後的輔助治療。口服每次500毫克，每日3次，飯後服，7日爲1個療程。
溫馨提示：藥物治療應主要用於重度牙周炎患者、對常規牙周治療反應不佳的患者及侵襲性牙周炎患者，必要時可以選擇聯合用藥。對於那些用於全身嚴重感染的強效抗菌藥物，儘量不用於治療牙周炎，以保護這些藥物的有效性。
