再生障礙性貧血的預後因骨髓衰竭的程度、患者的年齡、治療是否及時以及所採用的治療方法等因素而各不相同。
急性型再障，起病急驟，病情發展迅速，骨髓中造血細胞嚴重缺乏及伴有嚴重感染或出血，尤其是顱內出血。若不採取積極有效的綜合治療或骨髓移植，預後很差，病死率高達90%以上。
多在起病後一年內死亡，嚴重者可在數月甚至數週內死亡。
慢性型再生障礙性貧血，由於採用適當的治療，病人的骨髓增生過低和全血細胞減少較輕，病情穩定，不再發展也不再進步，這類病人可生存多年，甚至20年以上。約1/4患者治療無效，病情惡化死亡。
兒童患者預後較好，藥物治療的療效高於成人。早治療比晚臺療的療效要好。支持療法可改善病人的體質，防止出血和感染，對延長生命以待骨髓功能逐漸恢復具有重要的意義。致死的主要原因是嚴重感染和顱內出血。
治療得當，少數病人可完全恢復；尚有部分病人經過幾月或幾年，血和骨髓象有較明顯進步，但不能完全恢復正常。
