母乳性腹瀉可以通過腹瀉特點來診斷，這種腹瀉比較頻繁，大便味道較重。
母乳性腹瀉具有明顯的特點，這種腹瀉一般每天大便3-7次，大便呈泡沫稀水樣，氣味有特殊的酸臭味，便稀微綠，有泡沫和奶瓣，有時甚至還帶有條狀的透明粘液。腹瀉時沒有發熱，嬰兒沒有明顯的痛苦與哭鬧，大便化驗沒有感染方面的異常，腹瀉程度一般沒有其他症狀，嬰兒精神活潑，食慾良好，雖腹瀉病程較長，但體重增長每10天在300左右，遷延不愈。如果腹瀉時間長則有可能導致生長停滯、營養不良等嚴重後果，需要及時治療。
母乳餵養引起腹瀉，可能是母乳中的前列腺素含量較高，該物質促進小腸平滑肌運動，增加水和電解質的分泌而產生稀便。也可能是小兒對乳糖不耐受，體內缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原發性和繼發性兩類，可用醋酸鉛法測定患兒糞便中乳糖量以初篩，再用去乳糖飲食後迅速見效來證實。出現所謂生理性母乳性腹瀉時不要爲了大便成形而改喂牛奶。嬰兒機體會逐漸適應母乳中的前列腺素，乳糖酶亦會逐漸發育成熟，酶活性增加，就能分解、消化和吸收乳糖，並隨着增加輔食逐漸好轉。
