治療真菌沒有最佳方法一說，只有通過外用藥物和口服制劑進行治療。
1、外用藥物：真菌喜歡在溫暖潮溼的環境下生長，如果腳部在受到真菌感染後，就會長出足癬，身體受到真菌感染後，就會長出體癬、股癬、手癬等皮膚疾病，可以在醫生的指導下通過外用藥物聯苯苄唑乳膏、克黴唑乳膏、酮康唑乳膏等藥物治療。
2、口服制劑：如果是表淺部真菌感染，比如頭癬、股癬、甲溝癬等疾病，可以在醫生的指導下口服鹽酸特比萘芬片、伊曲康唑膠囊、灰黃黴素片等藥物治療。如果是比較深部的真菌感染，比如腦膿腫，腦膜炎，中樞神經系統感染等疾病。可以口服制黴菌素片、氟康唑膠囊、氟康唑膠囊等藥物治療。
