作爲耳部感染併發症的腦膿腫在發病率上逐年降低，尤其是在發展中國家。相反，來自於鼻竇感染的腦膿腫正在成爲威脅成人和兒童健康的重要危險因素。
槍彈傷(Bullet wounds)能導致組織壞死，並遺留金屬碎片於腦內，這些碎片有可能成爲感染源。其它和腦膿腫相關的異物包括：進入眼球中的鉛筆頭和草坪飛鏢(lawn dart)。此類患者在腦損傷多年後腦膿腫纔可能會形成。另外，腦膿腫偶爾可能會源自於面部創傷。
腦膿腫同樣也可能是神經外科操作的併發症。外科手術後腦膿腫的發展有可能延遲發生。文獻報道中有2例前庭神經鞘瘤術後，1例是在術後3個月形成腦膿腫，另1例則是在術後15個月因爲癲癇發作而被發現腦膿腫。
血源播散(Hematogenous spread)— 和菌血症(bacteremia)有關的腦膿腫通常會導致大腦中動脈分佈區的多發膿腫。膿腫通常位於灰白質交界處，該處的微小梗死能破壞血腦屏障。
能導致血源性種植的感染包括：
●慢性肺部感染，例如肺膿腫和膿胸，見於支氣管擴張的患者或囊性纖維化的患者。
●皮膚感染;
●盆腔感染;
●腹腔內感染;
●食管擴張症和內鏡下食管靜脈曲張硬化劑注射;
●細菌性心內膜炎(2~4%的患者會併發腦膿腫);
●紫紺型先天性心臟病(通常爲兒童);
●肺內右向左分流;
●鄰近區域的直接播散常會導致單發的腦膿腫。直接傳播之大腦皮層的原發性病竈包括亞急性和慢性的中耳炎(otitis media)和乳突炎(播散至顳葉下部和小腦)，額竇或篩竇炎(播散至額葉)，牙齒感染(通常至額葉)。
