一般情況下，由於個體差異，胃腸疾病沒有最好的檢查方式這一說法，需要結合具體情況來選擇。常用的檢查方法有胃腸鋇餐檢查、胃腸鏡檢查以及碳13或碳14呼氣試驗等。
1.胃腸鋇餐檢查：檢查前要先口服造影劑硫酸鋇，之後進行X光透視及拍片，可以通過鋇劑在胃腸道留下的影像來判斷胃腸道的病變情況。由於這種檢查較爲粗獷，並不能活檢組織，因此應用率相對較低，主要用於診斷胃下垂和胃動力異常。
2.胃腸鏡檢查：胃腸鏡是診斷胃腸道疾病最爲準確的檢查方法之一，將胃鏡或腸鏡放入患者的消化道當中，直接觀察消化道的健康狀況以及病變部位。如果不能明確疾病類型和病變性質，可以在胃腸鏡下取一部分組織進行活檢。
3.碳13或碳14呼氣試驗：很多胃腸疾病的發生都與幽門螺桿菌感染有關，要判斷是否感染這種細菌，需要進行碳13或碳14呼氣試驗。這種方法快速有效，較輕鬆呼氣，測定呼氣成分便能檢測是否有幽門螺桿菌感染，準確率可以達到97%以上。
