臨床上治療腹瀉的藥物很多，包括專門用於止瀉的功能性止瀉藥、抗菌藥物、抗病毒藥物、各種腸粘膜保護劑、微生態調節劑等。雖然上述許多藥物在治療腹瀉方面有很好的療效，但有些藥物不適合身體發育不完善的兒童。鑑於兒童腹瀉是一種常見的兒科疾病，多種疾病，父母習慣於自己服藥，有必要告訴兒童腹瀉不應該選擇藥物，以便我們的藥店銷售人員在向年輕父母推薦藥物時解釋其利益。易蒙停(洛哌丁胺)。
但其作用強，用於影響中樞神經系統等中樞神經系統的不良藥物反應，以及新生兒死亡報告，因此國內外僅限於幼兒，如中國易蒙停止使用手冊規定：5歲以下兒童禁止使用。複方地芬諾酯(複方苯乙啶)。每片含鹽酸地芬諾2片.5mg、硫酸阿托品0.025mg，其中，地芬諾酯類似於腸道嗎啡，可直接作用於腸平滑肌，效果也很強。由於國內外不斷有關於兒童中毒甚至死亡的報道（死亡病例集中在兩歲以下的嬰兒），由於兒童劑量沒有統一的標準，禁止兩歲以下的嬰兒，兩歲以上的兒童應謹慎使用（嚴格控制劑量）。
胃腸炎、沙門菌屬等引起的胃腸炎、菌痢療效好，臨床應用廣泛，為人們所熟知。但由於該藥及其同類藥物(喹諾酮類)有可能引起骨病變，12歲以下兒童不宜選擇。四環素對感染性腹瀉有一定的療效。
但8歲以下兒童應使用土黴素、多西環素（強黴素）、米諾環素（幸福黴素）等四環素及類似藥物，可導致恆牙感染、牙釉質發育不良和骨生長抑制。因此，8歲以下兒童應避免使用此類藥物。藥用炭，減少對腸壁的刺激，減少蠕動，從而起到止瀉作用。但由於該藥物的吸附作用有助於無選擇性，對胃蛋白酶、胰酶等消化酶的生長活性有影響，長期使用會導致兒童營養不良，因此3歲以下兒童腹瀉或腹脹，禁止長期使用。
