兒童潰瘍性結腸炎的原因尚不明確，目前一致的觀點是，本病的發病有免疫因素和遺傳因素，其他各種因素多為誘發因素，
1、本身免疫因素:潰瘍性結腸炎多為自身免疫性溶血、類風溼性關節炎、紅斑狼瘡、橋本病、虹膜炎等多種原因
2、感染原因:一些兒童用抗生素治療有效。
3、飲食過敏原因:有些食物可以復發病變，去除這些飲食可以緩解病情。
4、遺傳原因:患者家屬中有15%~30%的患者。
5、精神因素:臨床發現一些兒童伴有焦慮、緊張、疑問和自主神經障礙的表現，精神治療有一定的效果。
