藍痣的發病機制到目前為止，醫學研究還沒有弄清楚，但從其臨床分型看，不同型別的藍痣其發病機制還是有區別的。
普通型藍痣(common blue nevus) 真皮黑素細胞數量較多，主要位於真皮中深部，偶或向下延伸至皮下組織或向上靠近真皮乳頭層。黑素細胞呈長梭形，似成纖維細胞，含有黑素Dopa反應陽性。真皮網狀層有廣泛的纖維組織產生，在黑素細胞聚集處，常混雜有不等量成纖維細胞和噬黑素細胞。噬黑素細胞與黑素細胞不同，其胞體較大所含黑素顆粒較粗，無樹枝狀突Dopa反應陰性。
細胞型藍痣(cellular blue nevus) 可見普通型藍痣成分，如色素增深的樹枝狀突細胞。也常見一些梭形細胞，其胞體較大、核呈卵圓形、胞質豐富，染色淡，黑素極少或缺如。這些細胞常緊密排列成島狀或索條狀，周圍可見富含黑素的噬黑素細胞。
除普通型藍痣和細胞型藍痣外，還有聯合型藍痣(combined blue nevus) 。聯合型藍痣本身可為普通型，也可為細胞型併發的痣細胞，痣可為交界痣皮內痣或混合痣罕為Spitz痣。
