如果肯定是宮外孕，而且胚胎還相對較小，人絨毛膜促性腺激素不是很高，醫生可能給你用氨甲喋呤(MTX)等抗癌藥物藥物來殺死胚胎。氨甲喋呤通過肌肉注射給藥，經過你的血液到達胚胎，通過抑制細胞和胎盤的生長，而終止宮外孕。經過一段時間，這種很小的胚胎就能夠被你的身體吸收了。藥物開始起作用的時候，你可能會感覺有些腹痛或腹部痙攣，甚至可能還會出現噁心、嘔吐和腹瀉的症狀。
用藥期間，你應該避免飲酒和過性生活，還要注意不要服用含有葉酸的多種維生素或補品，因為這些物質會影響氨甲喋呤的作用。你還需要到醫院進行血液人絨毛膜促性腺激素檢查，瞭解宮外孕的胚胎是不是最終死亡了。因為藥物治療存在一定的缺點：一是萬一藥物沒有殺死胚胎，會使胚胎越長越大，出現輸卵管破裂大出血。二是胚胎一部分殺死，另一部分還存活，則會出現陳舊性胚胎，造成女性不孕。
假如採取藥物治療的狀況下，患者常常會遭到很大的影響，比方有噁心，嘔吐的狀況等，其最大的缺陷是可以影響到女性的再一次生育，並且假如沒有完整的殺死受精卵的狀況下，對女性形成的傷害十分大，所以普通不引薦藥物治療。
