歪嘴哭綜合症最佳治療時間需要根據個人病情發展狀況來定。若病情嚴重，且發展速度快，需在第一時間接受醫治，對病症輕微者可在三歲以後選擇合適時間接受手術。
新生兒被診斷為歪嘴哭綜合症之後，要及時檢視先天畸形情況的發生，尤其是心臟方面。若有大動脈轉位或法洛四聯症等複雜型心臟疾病，說明病情一般比較嚴重，且先天畸形症狀會發展較為迅速。患兒需儘快接受外科手術矯正，以便能最大限度提高生存率及生活質量。
若檢查發現歪嘴哭綜合症患兒只是伴隨有房間隔缺損等簡單的先天性心臟病，伴有眼耳等面部畸形，病情發展較慢，就可以在稍大以後做心臟矯正術及頜面部手術矯形，一般以三歲為宜，部分患兒可在五歲內做外科手術。不過在未進行手術醫治之前需要時刻關注患兒病症變化，做好病情日常護理工作，定期到兒科醫院接受檢查，必要時住院接受觀察治療。
