1.先天畸形：可能與父母接觸了某些化學物品、放射線、放射元素、孕早期發熱、服用某些中藥、胎位異常、羊水過多等有關。較多見的畸形有脊柱裂、中腦導水管狹窄、腦血管畸形等，患者可能會出現腦積水。
2.感染：如化膿性腦膜炎、結核性腦膜炎、腦室炎等，由於增生的纖維組織阻塞了腦脊液的迴圈孔道，特別多見於第四腦室孔及腦底部的蛛網膜下腔粘連而發生腦積水。
3.出血：顱內出血後纖維增生可引起腦積水，產傷後顱內出血吸收不良，也是新生兒腦積水的常見原因，且往往易被忽視，腦外傷後蛛網膜下腔出血致蛛網膜粘連，腦脊液迴圈障礙而發生腦積水。
